Používáte na správu serveru ISPConfig a z nějakého důvodu prostě potřebujete znovu vytvořit veškeré vhost soubory ve složce /etc/apache2/sites-available a případně i symbolické odkazy v /etc/apache2/sites-enabled?
V administraci ISPConfig je k tomu určená funkce Resync – nachází se v kategorii Tools. Stačí zaškrtnout Websites a kliknout na Start. Mně osobně to již několikrát pomohlo.
Případně ještě je možnost obnovit soubory vhost ze zálohy, kterou vytváříte pravidelně nebo při aktualizaci ISPConfigu. Záloha je zabalená v /var/backup, ale to jistě víte, protože zálohování dat nepodceňujete :-).